В 1992 году на территории Санкт-Петербурга было организовано Управление по охране окружающей среды, преобразованное в соответствии с законом Санкт‑Петербурга «О структуре Администрации Санкт-Петербурга», в Комитет по природопользованию, охране окружающей среды и обеспечению экологической безопасности. Комитет создан для решения вопросов охраны окружающей среды, экологической безопасности и природопользования.

Комитет по природопользованию, охране окружающей среды и обеспечению экологической безопасности является отраслевым органом исполнительной власти Санкт-Петербурга, созданным для осуществления государственного управления и проведения государственной политики в сфере охраны окружающей среды, природопользования и обеспечения экологической безопасности, а также для координации деятельности в этой сфере иных исполнительных органов государственной власти Санкт-Петербурга.

Комитет в своей деятельности руководствуется Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, Уставом Санкт-Петербурга, законами Санкт-Петербурга, иными нормативными правовыми актами Санкт-Петербурга, постановлениями и распоряжениями Губернатора Санкт‑Петербурга, постановлениями и распоряжениями Правительства Санкт-Петербурга, а также Положением о Комитете по природопользованию, охране окружающей среды и обеспечению экологической безопасности, утвержденным постановлением Правительства Санкт-Петербурга от 09.03.2017 N 127 "О мерах по совершенствованию государственного управления в сферах благоустройства, природопользования и охраны окружающей среды и внесении изменений в некоторые постановления Правительства Санкт-Петербурга".